En su conjunto, el estudio GEM se puede describir como un análisis que a diferentes niveles , pretende dar servicio a una gran variedad de organismos y cuya organización jerárquica se puede describir como sigue:
-Dirección General del GEM: Es el Equipo Director del proyecto, a cargo de los primeros diseñadores, es decir, la London Business School y el Babson College. Su misión es doble: por una parte, el Equipo debe centralizar toda la información del Proyecto, marcar las principales directrices, velar por la unidad metodológica, convocar las reuniones anuales, recabar nuevos países participantes, gestionar la creación de bases de datos y realización de los trabajos de campo y difundir el Proyecto en foros internacionales (ONU, UE, de ámbito académico, etc.) Por otra, es el encargado de realizar cada año el Informe Global Internacional (GEM Global Report).
-Equipos Nacionales: Son los Equipos creados por cada país participante para la elaboración anual del Informe Nacional, en el que se analiza la situación interna de cada país y en el que se establece una comparación internacional con el resto de los participantes. Este equipo debe presentar resultados a la red GEM y representar al país del que se trate en el foro anual del GEM , donde se realizan propuestas para cambios metodológicos, ajustes, nuevos temas de investigación, interacción con otros equipos, etc. También forma parte de su misión difundir el estudio en los medios y tratar de introducirlo como indicador en el ámbito gubernamental para ayudar al diseño de políticas que apoyen el fenómeno emprendedor.
-Equipos Regionales: Constituyen el nuevo nivel que actualmente se está desarrollando en el entorno GEM. Las formas que han adoptado los Equipos Regionales varían según la organización política del país que se trate. Por ejemplo en el caso del Reino Unido, existen equipos regionales para Escocia, Gales, Inglaterra, Irlanda y otras zonas. En el caso de Alemania, el nivel regional lo sigue centralizando el equipo nacional habiendo ampliado el personal encargado del GEM, sin que haya un equipo por Estado Federal.
El caso español constituye una iniciativa única, pues replica el modelo de relación existente entre la Dirección General y los Equipos Nacionales del GEM global a la relación entre el Equipo Nacional y los Equipos Regionales. Así, el Equipo Nacional centraliza toda la información, marca las principales directrices y vela por la unidad metodológica del proyecto a nivel nacional. Siguiendo estas normativas comunes, cada Equipo regional desarrolla su propia investigación en cada región. Dado el mayor conocimiento de la realidad social y empresarial de cada Equipo sobre su Comunidad Autónoma, esta especialización supone una ventaja incuestionable frente a otros modelos, lo que permite a la larga una mayor eficiencia a la hora de diseñar políticas de apoyo a la creación de empresas.